Nel maggio del 1997 Brett Detar e Chad Alan, due ragazzi di Greensburg, Pennsylvania, negli Stati Uniti, che suonano insieme in una band, i Pensive, decidono di dare vita ad un altro gruppo come side-project. Allo stesso tempo Chad sta discutendo con un suo amico, Jeremiah Momper, di formare una band, e lo stesso sta facendo Brett con Joshua Fiedler: i quattro perciò, anziché dare vita a diversi gruppi, pensano di crearne uno solo, unendo i loro progetti. Dato che Brett canta, Josh e Jeremiah suonano le chitarre e Chad il basso, manca ancora un batterista per completare la formazione: a questo problema ovvia Fiedler, che consiglia alla band il suo amico Neil Hebrank, il quale diventa così il quinto ed ultimo membro. Manca solo una cosa ancora perché tutto sia a posto: un nome. Alcuni amici della band studiano Teoria Musicale all'Università di Pittsburgh, ed hanno come compito lo studio degli effetti della musica su chi la ascolta: il gruppo di ricerca si è soprannominato "The Juliana Group", ed i componenti della band, vista anche la fretta che hanno di trovarsi un nome poiché hanno già un primo concerto fissato, decidono di prendere in prestito questo nome sostituendo la parola "Group" con "Theory": la band decide così di chiamarsi The Juliana Theory. La band inizia così ad effettuare le prime date partecipando anche all'annuale Cornerstone Festival di Bushnell, nell'Illinois: qui vengono notati da Brandon Ebel, fondatore e proprietario della Tooth & Nail Records, che rimane impressionato dalla loro performance e chiede perciò loro di firmare un contratto (Brett conosce già Ebel perché i Zao, l'altro gruppo in cui suona, sono su Solid State Records, sottocasa della Tooth & Nail). I membri della band, la maggior parte dei quali avevano iniziato a suonare nei Juliana Theory come se fosse di importanza secondaria ai loro gruppi principali (e soprattutto Brett, che suona anche nei Zao, famosa band metal-core), si accorgono che preferiscono la musica dei Juliana Theory rispetto a quella che suonano con le rispettive band, e decidono pertanto di fare dei Juliana Theory la loro occupazione principale. Nell'ottobre del 1998 il gruppo rilascia per la Arise Records uno split con i Dawson High mentre in novembre registrano il primo full-length, "Understand This Is A Dream", che esce nel marzo dell'anno seguente per la Tooth & Nail. Molti iniziano a credere, data la fama di etichetta Cristiana della Tooth & Nail, che i Juliana Theory siano un gruppo di stampo Cristiano, ma come lo stesso gruppo afferma, portando a dimostrazione i temi dei suoi testi, questo non è vero. La band parte così per vari tour (che vedono Brett suonare sempre più spesso alcune parti di chitarra dal vivo), ma registra anche dei nuovi pezzi: intanto però i rapporti tra Jeremiah ed il resto del gruppo si fanno tesi, e portano, sempre nel '99, al suo distacco dai Juliana Theory. Nell'estate dello stesso anno entra così nella band Joshua Kosker, mentre nel gennaio del 2000 viene rilasciato dalla Onedaysaviour Records (etichetta di Long Island, New York) "Three Way Split", uno split a tre (come dice il nome stesso) con i Onelinedrawing ed i Grey A.M., che contiene due brani dei Juliana Theory registrati ancora con Jeremiah. La band registra poi un nuovo album, "Emotion Is Dead", mentre allo stesso tempo pensa seriamente di cambiare il suo nome eliminando "Juliana", trasformandolo così in "Theory": ma vengono sconsigliati nel farlo, e pertanto decidono di continuare come Juliana Theory, ed è sotto questo nome perciò che infine, nell'agosto del 2000, esce "Emotion Is Dead". Intanto viene ristampato lo split con i Dawson High, la prima uscita discografica dei Juliana Theory, per il quale viene cambiata la copertina ed inserito un nuovo brano, mentre, date le buone vendite dei precedenti lavori (130.000 copie vendute combinando i due full-lengths) e, in generale, l'escalation che l'emo sta avendo nei gusti musicali della gente di tutto il mondo, varie major labels si dimostrano interessate ad un contratto con i Juliana Theory: a metà 2001 il gruppo, dopo avere valutato varie proposte, decide di firmare con la Epic Records, sottocasa della Sony Music, mentre poco dopo, a fine giugno ed inizio luglio, partecipa ad alcune date dell'annuale festival itinerante Vans Warped Tour. In ottobre la band rilascia un ultimo lavoro per la Tooth & Nail, "Music From Another Room" (che inizialmente sarebbe dovuto uscire qualche mese prima per la Initial Records), un EP contenente brani scartati dalle registrazioni di "Emotion Is Dead" e qualche nuovo pezzo scritto in tour. L'anno seguente Neil esce dal gruppo e viene rimpiazzato da Josh Walters, con il quale i Juliana Theory registrano un nuovo full-length, "Love" (con produttore Jerry Harrison, ex Talking Heads, che ha già lavorato con band come i No Doubt), che esce per la Epic nel novembre del 2002, segnando il debutto discografico su una major per la band.