Nell'estate del 1994 Joshua "Josh" Latshaw e Chad Istvan, due ragazzi di Newark, nel Delaware, Stati Uniti, decidono di dare vita ad un gruppo subito con l'intento di suonare concerti e registrare album. Presto ai due, che diventano i chitarristi della band, si aggiungono Darrell Hyde al basso e Nathan Gray alla voce, mentre iniziano le ricerche per un batterista. Un giorno Nathan nota sul retro di un libro il nome di un libro di poesie chiamato "The Boy Who Sets The Fire": ai componenti del gruppo piace molto come suona e come si presta alla rappresentazione dell'anima e dello spirito di ciascun uomo, e decidono di abbreviarlo in Boy Sets Fire per dare nome alla loro neonata band. Circa due settimane dopo hanno termine le ricerche per un batterista, trovato in Matt Krupanski, e così la band effettua, nell'ottobre del '94, le sue prime prove, nello scantinato dei genitori di Chad. Il primo gig si tiene poco tempo dopo, il 31 ottobre, a casa di Nathan, mentre in inverno viene registrato un primo demo autoprodotto contenente quattro brani. Nella primavera del '95 i Boy Sets Fire registrano un secondo demo, intitolato "Premonition, Change, Revolt" (nome che rappresenta alla perfezione il carattere politico del gruppo, di estrazione fortemente comunista) e, dopo avere comprato un'auto per andare in tour, che chiamano Roger, in giugno partono per una prima tourneé, auto-organizzata, che li vede suonare per due settimane in scantinati, feste private e piccoli locali della costa est statunitense. Lo stesso anno la band registra dei nuovi pezzi, che rilascia poi sempre del '95 sottoforma di un EP, "Consider", che viene stampato in 500 copie e che lascia il gruppo molto soddisfatto in quanto tutto è stato fatto indipendentemente, mentre circa allo stesso tempo registra degli altri pezzi che vengono poi rilasciati nel '96 dalla Magic Bullet Records, casa di proprietà di alcuni amici del gruppo, come split 12" con i Jazz Man's Needle intitolato "This Crying This Screaming, My Voice Is Being Born".
Intanto la band continua ad effettuare concerti, ma i troppi chilometri percorsi portano Roger alla distruzione. Nel gennaio del '97 firmano con la Initial Records, e così in marzo registrano, in una settimana e spendendo meno di 1.500 dollari, il loro primo full-length, mentre nel frattempo la Initial ha iniziato a ristampare, su richiesta della band stessa, "Consider". Nel frattempo la band compra un minibus, che battezza Arnold Willis, che utilizza per andare in tour nel Nord-est americano; ma A.W. (così la band ha soprannominato il minibus) va in panne nel Tennessee, ed i Boy Sets Fire sono costretti a dire addio al loro nuovo acquisto e percorrere le 20 ore di viaggio che li separano da casa tramite bus e autostop. Il nuovo album, "The Day The Sun Went Out" (che contiene anche una cover dei Mötley Crüe), esce nell'agosto del '97, ed ottiene immediatamente ampi consensi in varie fanzine punk ed hardcore. I Boy Sets Fire sono costretti così a comprare un nuovo mezzo per andare in tour, e lo fanno acquistando un altro minibus, che chiamano Stella, con il quale a fine '97 partono in tour. Nel '98 la Hydra Head Records rilascia uno split della band con i Coalesce (in cui ciascun gruppo interpreta due brani dell'altro), mentre i tours continuano fino all'estate dello stesso anno. Ma i tanti chilometri percorsi danneggiano anche Stella, che in breve tempo lascia a piedi il gruppo più volte (una volta li costringe a fermarsi a Tucson, in Arizona, per due settimane), e cambia tre motori, prima di prendere fuoco per due volte ad Albuquerque, nel New Mexico, costringendo la band a trainare il minibus per tre giorni fino a casa, prima di rendersi conto che è ormai da buttare per via del motore non più utilizzabile. I Boy Sets Fire sono così costretti a cancellare le rimanenti date del tour, prima di entrare, nel settembre del '98, al Carriage House Studios, nel Connecticut, per registrare dei nuovi brani. Inizialmente la band pensa di registrare dei brani che andranno poi inclusi nel nuovo full-length, ma infine decide di chiedere alla Initial di rilasciarli sottoforma di EP. L'etichetta accetta, ed esce così sempre nel novembre del '98 "In Chrysalis", che contiene anche una cover di "Holiday In Cambodia" dei Dead Kennedys. Allo stesso tempo, i Boy Sets Fire partono per l'Europa, per il loro primo tour nel Vecchio Continente, abbandonando la pratica dei tours auto-organizzati (l'ultimo di questo tipo è stato un tour di cinque settimane negli Stati Uniti nell'estate del '98, prima che Stella li lasciasse a piedi per l'ultima volta).
Nella primavera del '99 il gruppo compra un van, il primo in buone condizioni al momento dell'acquisto, a cui però per scaramanzia non viene dato nessun nome ufficiale, anche se spesso viene chiamato Chaunchy. La band effettua così un tour statunitense con gli Avail, prima che in agosto esca per la Equal Vision Records uno split con gli Snapcase, storica hardcore band newyorkese, intitolato "Snapcase Vs. Boy Sets Fire" perché inizialmente doveva essere incluso, su idea della band di Buffalo, anche un video dei due gruppi che si sfidavano in una gara in go-kart, "competizione" che aveva avuto luogo nel loro ultimo tour insieme (poi per alcuni motivi non incluso, a detta dei Boy Sets Fire perché gli Snapcase avevano perso). Nel frattempo i Boy Sets Fire non hanno smesso di effettuare concerti, ma in ottobre avviene il primo cambio di formazione: in ottobre Darrell, a causa di differenze di obiettivi tra lui ed il resto del gruppo, viene costretto ad uscire dalla band, e viene sostituito con Rob Avery (che è in realtà un chitarrista, ed inizia solo ora a suonare il basso). Lo stesso mese i Boy Sets Fire firmano un contratto con la Victory Records, la principale casa hardcore mondiale, per la quale in dicembre iniziano al Carriage House Studios le registrazioni di un nuovo full-length, che si protraggono fino al gennaio del 2000.
Poco dopo, sempre nei primi mesi del 2000, la Hydra Head ri-rilascia lo split con i Coalesce includendo anche un inedito per gruppo, mentre lo stesso anno esce edito dalla Undecided Records uno split con gli Shai Hulud intitolato "Crush 'Em All", nel quale ciascuna band interpreta un brano dei Metallica ("Fade To Black" per i Boy Sets Fire). Circa allo stesso tempo, in aprile, la Victory rilascia il nuovo album, "After The Eulogy", il cui tour di promozione porta il gruppo ad effettuare concerti negli Stati Uniti ed in Europa per un totale di cinque mesi. A fine 2000 la Join The Team Player Records rilascia un EP da tre canzoni per il solo mercato europeo, "Suckerpunch Training", registrato nello stesso studio in cui ha la band inciso "The Day The Sun Went Out" e che contiene anche una cover di "Rocketman" di Elton John ed una traccia nascosta di spoken-word. La band in dicembre firma per la Wind-Up Records, etichetta indipendente affiliata ma non controllata dalla Epic Records, sottocasa dalla Sony Music, prima che nell'inverno e primavera del 2001 inizi a lavorare su dei nuovi brani per un nuovo album. Poco tempo dopo, a fine primavera ed in estate, il gruppo torna in tour negli Stati Uniti, con i Sick Of It All, ed in Europa, per il Deconstruction Tour, mentre in agosto la Wind-Up ri-rilascia "After The Eulogy" con una bonus track (tratta dalle sessioni di registrazione dell'album). In novembre "Suckerpunch Trainig" viene ri-rilasciato per il mercato americano dalla Deathwish Inc., mentre allo stesso tempo la band inizia a scrivere nuove canzoni rinchiudendosi al Big House, mini-studio di proprietà del gruppo stesso, che vanno poi ad incidere nell'inverno e primavera del 2002 al Cello e all'Ocean di Los Angeles e al Mama Joe's Recording di North Hollywood, tutti situati in California, impiegandovi un totale di tre mesi. In estate la band partecipa al Vans Warped Tour ed il 19 luglio registra il concerto al Club Krome di South Amboy, nel New Jersey, per un EP, "Live For Today", che contiene tre nuovi brani di studio (incisi durante le registrazioni per il nuovo album, nel quale due di questi verranno inseriti) e tre brani live, di cui uno inedito (che verrà inserito nel nuovo full-length). L'EP esce in settembre edito da Wind-Up (quando "After The Eulogy" ha ormai superato le 50.000 copie vendute), prima che in ottobre il gruppo parta per un tour statunitense come co-headliner con gli Snapcase, affermandosi come una delle principali hardcore band mondiali. In novembre e dicembre tornano in Europa, mentre nell'aprile del 2003 la Wind-Up rilascia "Tomorrow Comes Today", prima che la band torni nuovamente nel Vecchio Continente in maggio e giugno come parte del Deconstruction Tour, suonando in scaletta solo prima dei NOFX, ma dopo band come Strung Out e Bouncing Souls, a dimostrazione della loro ormai enorme fama. Ma al ritorno in patria, sempre in giugno il gruppo annuncia che Rob lascia la band, principalmente per crearsi una famiglia e dedicarsi alla sua passione, i motori. Il sostituto è subito trovato, ed è Robert Ehrenbrand, un ragazzo residente a Berlino, in Germania, che i Boy Sets Fire hanno conosciuto durante il loro primo tour europeo, nel 1998, che avevano condiviso con la sua band, i My Hero Died Today. Robert era da sei mesi già il tecnico delle chitarre del gruppo.